MATLAB のプログラムと関数は ASCII のテキストファイルとして，たとえば remi.m のように拡張子 .m を持つファイル名で保存しなければならない．このためこれらのファイルは M-ファイルと呼ばれている．

MATLAB から呼び出すことができる C や Fortran のサブルーチンは MEX-ファイルと呼ばれている．

MATLAB ユーザは MATLAB 検索パス (search path) について知る必要がある．これは Macintosh ユーザであっても例外ではない．

MATLAB 検索パスとは MATLAB が MEX-ファイルと M-ファイルを検索する対象となるディレクトリのリストであり，このリストにあるディレクトリのみが検索対象となる．

MATLAB はこれらのディレクトリを検索し，初めに見つけた MEX-ファイルあるいは M-ファイルを使う．

現在のワーキングディレクトリは最初に検索される．

Windows と Macintosh では Path Browser でパス情報を管理することができる．